El Consejo de Gobierno del IESALC es la instancia gerencial que, en el marco de las directrices que aprueba la Conferencia General de la UNESCO bienalmente, supervisa y ajusta el programa de trabajo del Instituto en lo atinente a su implementación y ejecución.  

El Instituto es administrado por un Consejo de Gobierno compuesto en la actualidad por nueve miembros:

Paulo Falcón (Argentina) – Exdirector Nacional de Gestión Universitaria del Ministerio de Educación de la Nación Argentina. 

Dixton Montgomery Findlay (San Vicente y Las Granadinas) – Subdirector de Educación / ministro de Educación. 

María Altagracia López F. (República Dominicana) – Vicerrectora académica Instituto Tecnológico de Santo Domingo / Asociación Dominicana de Rectores de Universidades.

Olda María Cano de Araúz  (Panamá) – Vicerrectora de la Universidad Autónoma de Chiriquí / Consejo de Rectores de Panamá.

Vicepresidenta
Miriam Alpizar Santana (Cuba) – Jefa de la Secretaría del Ministro de Educación Superior.

Eddy Córdova (Venezuela) – Director adjunto a la Secretaría Permanente del Consejo Nacional de Universidades.

Valentina Canese Caballero (Paraguay) – Directora del Instituto Superior de Lenguas de la Facultad de Filosofía de la Universidad Nacional de Asunción.

Presidente
Dameon Black (Jamaica) – Comisario y director ejecutivo de la Comisión de Educación Terciaria de Jamaica. 

Santiago Jaime Ruiz Alvarez (Honduras) – Director de Investigación Científica, Humanística y Tecnológica (DICIHT), Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH).