El Consejo de Gobierno es la instancia mayor del organismo en la definición de políticas de investigación, estudio y articulación de la educación superior en la zona y la naturaleza de las actividades del IESALC, dentro del marco aprobado por la Conferencia General de la UNESCO.

El Instituto es administrado por un Consejo de Gobierno compuesto en la actualidad por nueve miembros:

Paulo Falcón (Argentina) – Ex Director Nacional de Gestión Universitaria. 

Andrew Augustine (Grenada) – Funcionario del Ministerio de Educación. 

Alfonso Fuentes Soria (Guatemala) – Ex Rector de la Universidad de San Carlos. 

Rutilia Calderón (Honduras) – Ex Ministra de Educación. 

Dixton Montgomery Findlay (San Vicente y Las Granadinas) – Sub-Director de Educación / Ministro de Educación. 

Francis del Carmen Arquinzones Lugo (Venezuela) – Ex Viceministra de Educación Superior.

Aldo Nelson Bona (Brasil) – Ex Rector Universidade Estadual do Centro-Oeste / ABRUEM.

María Altagracia López Ferreiras (República Dominicana) – Vicerrectora Académica Instituto Tecnológico de Sto. Domingo / Asociación Dominicana de Rectores de Universidades.

Olda María Cano de Arraúz (Panamá) – Vicerrectora de la Universidad Autónoma de Chiriquí / Consejo de Rectores de Panamá.