El Instituto es administrado por un Consejo de Gobierno compuesto en la actualidad por nueve miembros:

Presidenta. Rossana De Souza E Silva – (Brasil) – Directora ejecutiva del Grupo Coimbra de Universidades Brasileñas desde 2012.

Vicepresidente: Andrew Benedict Augustine – (Granada) – Oficial superior de desarrollo de recursos humanos, Ministerio de Educación de Granada. 

Secretario: Francesc Pedró – (UNESCO) – Director del IESALC.

Aldo Bona (Brasil) – Asociación Brasilera de Rectores de Universidades Estadales y Municipales (ABRUEM). Secretario de Pol{iticas Universitarias del Estado de Paraná.

Luis Bonilla Marín (República Bolivariana de Venezuela). Investigador, miembro del Consejo Latinoamericano de Ciencias Sociales (CLACSO) y ex presidente del Consejo de Gobierno del IESALC.

Rutilia Calderón (República de Honduras) – Fue Ministra de Educación de Honduras de enero 2017 a enero 2018. Elaboró y coordinó el primer Plan de Estudios de la Maestría de Salud Pública de su país.

Alfonso Fuentes Soria (República de Guatemala) – Fue Secretario General del Consejo Superior Universitario de América Central (CSUCA). Vicepresidente de Guatemala hasta el 2016.

Ligia Amada Melo de Cardona (República Dominicana) – Política y pedagoga, fue Secretaria de Educación Superior, Ciencia y Tecnología (SEECyT) de su país desde 1996 hasta el 2000.

Roberto Moreno Godoy (Guatemala) –  Rector de la Universidad del Valle de Guatemala. Trabajó en la UNESCO como especialista regional para Centroamérica y Panamá.

Alando N. Terrelonge (Jamaica). Ministro de Estado en el Ministerio de Educación, Juventud e Información. Abogado con Maestría en Relaciones Internacionales por la Universidad de Warwick.